если бы это было так, то пляж Локомотив уже сейчас бы красовался в Казанском кремле. Однако, его там нет и поиском он там тоже не находится.

Вот этот пляж  на ЯК и справочнике. 

однако. Спасибо. 
Оказывается, не только точки организаций одной категории показываются на разном масштабе, да ещё и при поиске. Искал вот так https://yandex.ru/maps/-/C6ajRNzi, в Кремле ничего не нашлось.

 и здесь посмотрите  где Калнку удаляли, банк и магазин явно не на масте

а я нашёл этот пляж в кремле по запросу «Локомотив Казань» (просто нужно приблизить масштаб, чтобы появился маркер), и у него в карточке пометка: «объект из народной карты» (то есть, старой НЯК, как я понимаю). А если ткнуть по этой точке и нажать "подробнее", то отобразится мини-карта, на которой этот объект расположен совсем в другом месте. Короче, всё запутанно и неоднозначно)

и магазин и банк были удалены вместе с Калинкой.

Вряд ли так получится  может быть и тысяча и 10 тысяч дело даже не в том что их много будит дело в том чтоб те данные которые поступают шли из справочника Яндекса сперва а то что есть уже на картах должно быть прикреплено к справочнику и не откреплялось. Таким образом исчезают дубликаты сразу и модерацыя новых данных от бота шла не сразу на карту а шла через пользователей тоесть модераторов таким образом бот  передает новые данные мы их проверяем закрепляет за зданием и адресом данные коректируюца в справочнике есле адрес не указан или место указано не корректно тоесть идет синхронизация организацый. И получается мы упрощает работу боту, избовляем от дубликатов, идет синхронизация организацый и мест, получаем точность данных и снижаем нагрузку с бота.

уже был ответ администрации на похожий вопрос касательно подписок. Показывать правки робота Яндекс не планирует. Очевидно, это же касается и очереди модерации.

))) 
Никто бы и слова ни сказал если бы робот делал адекватную работу. 
А по факту получается робот наимпортировал, потом приходят сотрудники и начинают чистить все. Зачем делать лишнюю работу, если можно перед импортом проверить актуальность, корректность и достоверно тьфу данных. 

может, для того и импортируют, чтобы можно было проверить, скорректировать и привести к одному знаменателю два набора данных, используя инструментарий НК.